Een Elite commando eenheid, SG-1 genaamd, moet terug naar aarde vluchten nadat 2 leden van hun team op onverklaarbare wijze verdwijnen voor hun ogen. Maar ze komen terug in een wereld waar de Stargate, een machine uit de oudheid die ze instaat stelt honderden planeten te bezoeken, nooit was ontdekt, en hun eigen geschiedenis blijkt gewist. Aan hen de taak om een dubieuze overheid en leger ervan te overtuigen dat de tijdslijn is veranderd door een machtige alien vijand (Ba’al) die op deze manier de aarde wil veroveren. De tijd begint te dringen