In deze sensationele actiefilm maken de legendarische held Generaal Francis X. Hummel (Ed Harris) en zijn elite-commando's zich meester van Alcatraz. Ze nemen daar een groep toeristen in gijzeling en dreigen gifgas-raketten op San Francisco af te schieten als hun eis niet wordt ingewilligd. De eis bestaat uit genoegdoening voor de familie van de commando's die bij uiterst geheime militaire operaties om het leven zijn gekomen. De enige kans op redding voor de stad komt van Stanley Godspeed (Nicholas Cage), een jonge FBI-agent die alles afweet van chemische wapens, en gevangene John Patrick Mason (Sean Connery), de enige die voor zover bekend ooit van het gevangenis-eiland heeft kunnen ontsnappen. Terwijl de uren wegtikken, proberen de twee naarstig om ongezien op het eiland te komen, de raketten onschadelijk te maken en zo een ramp te voorkomen.